签定合作协议出现劳动纠纷，应依法处理。依据《劳动法》等，纠纷可先协商调解，不成则仲裁，再不服可诉讼。不及时处理可能导致权益受损，影响工作生活。
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合作协议劳动纠纷，需依法处理。具体操作：1. 尝试与对方协商，达成和解；2. 若协商无果，向调解组织申请调解；3. 调解不成，向劳动仲裁委申请仲裁；4. 对仲裁结果不服，可向法院提起诉讼，维护自身权益。
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处理劳动纠纷常见方式有协商、调解、仲裁、诉讼。根据纠纷复杂程度和双方意愿选择合适方式，协商不成寻求调解，调解无果则申请仲裁，仲裁不服再提起诉讼。