司法机关不予起诉主要原因如下：首要原因即是法定不起诉的情况，即当犯罪嫌疑者并无任何犯罪事实，或在《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条中明确载明了诸如犯罪行为已经超过法律追溯期限等不可控因素时。其次是酌定不起诉，这主要源于犯罪情况相对较轻，根据刑法规定可以不必判处刑罚或是能够减轻、免除处罚的现实状况。最后就是在证据不足的情况下，不能达到起诉标准而被决定不起诉，这种情况通常会在补充调查之后，由人民检察院重新审视证据，若仍无法满足起诉条件，则会做出不起诉的决定。
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检察院为啥不让人坐牢，主要有这么几个原因：首先就是依法不起诉也就是说这个犯罪嫌疑人身材不实，或者说他犯了事儿但是已经超过了法律规定的追诉期等等，这种情况下就不能让他坐牢；其次就是酌情不起诉，就是说这个人虽然犯了罪，但情节比较轻，按照法律规定不用判刑或者可以免除刑罚的那种；最后还有一种叫证据不足不起诉，就是说检察院在调查清楚之后还是觉得证据不够充分，不符合起诉条件，那也只能放人。
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检察院不起诉原因常见于这几个方面：首先，如果犯罪人士没有不法行为或存在第16条规定的特别情况（例如，犯罪已过时效期间）就会被依法不起诉；其次，对于犯罪情节较轻、不需判刑或可免予刑罚者，检察院可能予以酌定不起诉；最后，若经补充调查后，检察院仍认为证据不足以支持起诉，也会做出不起诉决定。
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检察院不起诉通常都是因为这几个原因：首先就是法定不起诉。就是说犯罪嫌疑人其实没犯什么事儿，或者说他们符合咱们《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定里头的那几项情况呗，像什么案子已经过了追诉期之类的。其次就是酌定不起诉。就是说犯罪情节比较轻，按照法律规定来说，根本就不用判刑或者可以免除刑罚的那种。最后还有个证据不足不起诉。就是说检察院在经过补充侦查之后，还是觉得证据不够充分，达不到起诉标准的时候，也会选择不起诉。